این دپارتمان با هدف طراحی، برنامه‌ریزی و اجرای استراتژی‌های مدیریت بحران در حوزه سلامت است که شامل آمادگی، مقابله، بازیابی و پیشگیری از حوادث غیرمترقبه مانند بلایای طبیعی، اپیدمی‌ها، تهدیدات زیستی و فناوری فعالیت می کند.
دپارتمان مدیریت بحران و پدافند غیرعامل با شناخت دقیق خطرات بالقوه و تحلیل آسیب‌پذیری‌ها، نظام‌های پاسخگویی سریع و هماهنگی بین‌بخشی را ایجاد می‌کند تا ضمن کاهش خسارات جانی و مالی، حفظ عملکرد سیستم‌های سلامت را تضمین نماید.
علاوه بر این، این دپارتمان به تدوین پروتکل‌های امنیتی و آموزش نیروهای تخصصی در زمینه پدافند غیرعامل می‌پردازد تا مقاومت و تاب‌آوری نظام سلامت در برابر تهدیدات متنوع افزایش یابد.